Desde la muerte de escobar en el 93 comenzó a moviendo avionetas a uno y otro lado de la frontera, a las ordenes de El Padrino, por entonces uno de los principales narcotraficantes del país, cuando este cayó detenido, el Chapo fundó el cartel de Sinaloa, cuya estrategia de cretimiento consistía en apoderarse de todos los eslabones de la cadena del tráfico de la cocaína, desde el procesamiento de la planta hasta las esquinas de las calles.
Se transportaba por carretera, con aviones o sumergibles, bien compactada y escondida en latas de chiles o incluso en pepinos y plátanos. También traficaba con heroína, metanfetaminas y marihuana.
Cuando empezó a acaparar mucho poder y se le colocara en el puesto 701 de la lista Forbes, el cartel de Tijuna intentó asesinarle, y fue en su huida a Guatemala donde le apresaron por primera vez.
(Controlaba más de la mitad de el negocio con drogas en EE.UU)
Desde dentro de la prisión aumentó su influencia, y tras sobornar a casi toda la prisión e incluso montar fiestas en ella, se fugó en 2001, algunos dicen que en un carro de la ropa sucia, otros que se disfrazó y salió por la puerta principal.
Se practicó cirujía plástica en la cara y más de una década más tarde en 2014 se le volvió a capturar gracias a las acciones de la DEA y las fuerzas mejicanas, que le interceptaron por varios de sus teléfonos.
En 2015 se volvió a escapar por un túnel que conectaba la prisión con un edificio en construcción, ya que a pesar de ser capaz de sobornar a los guardias de esta prisión de máxima seguridad, no podía salir a nivel de calle porque área estaba vigilada por el ejército.
6 meses después se le volvió a capturar y desde entonces es el preso 3192 de un penal de máxima seguridad.
